Vanaf 1959 volgt een studie aan het Brabants Conservatorium in Tilburg bij
Jan van Dijk (compositie) en Huub Houët en
Louis Toebosch (orgel). Vervolgstudie bij
Kamiel D'Hooghe in Brugge en Brussel. Leven en composities krijgen definitief vorm door de kennismaking, lessen (vanaf 1966) en vriendschap met
Ton de Leeuw, in Nederland jarenlang de enige voorvechter en kenner van de niet-westerse muziek. Een inspiratiebron voor het leven. Het is Ton de Leeuw die hem in contact brengt met
Olivier Messiaen, bij wie hij enige lessen volgt.
Na jarenlang organist te zijn geweest wordt Daan Manneke in 1972 docent aan het Amsterdamse Sweelinck Conservatorium, vanaf 1986 docent compositie, een functie waarin hij inmiddels een groot aantal leerlingen heeft opgeleid. Daan Manneke is oprichter van het
kamerkoor Cappella Breda (1976), een koor waarmee hij tal van - ook voor zijn denken over muziek - belangrijke programma's heeft gebracht en brengt: van Venetiaanse dubbelkorigheid tot Bruckner, Arvo Pärt en onbekende Renaissance- componisten.
Wezenlijk voor Daan Manneke's denken over muziek is zijn grote belangstelling voor improvisatie, de andere kant van de vaak organisch gegroeide, strenge vorm. Actie tegenover reflectie, inval tegenover uitgebalanceerde vorm. Als geen ander weet Manneke in cursussen een heel publiek tot improviseren (en wat is dat anders dan het overboord gooien van versleten denkpatronen) te brengen. In 1977 publiceerde hij omgaan met muziek, een werkboek voor eigentijdse improvisatie. Een boek waaruit grote belangstelling blijkt voor de opleiding van jonge musici. Een belangstelling die ook blijkt uit Signalen van veraf en dichtbij, een serie van ruim veertig korte stukken voor kleine ensembles (1981).
Inmiddels schreef Manneke een groot en veelzijdig oeuvre van meer dan 200 werken. Voor zijn vele verdiensten op muzikaal terrein ontving Daan Manneke in 1999 de cultuurprijs van de provincie Noord-Brabant en in 2000 ontving hij de Koninklijke Onderscheiding Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw.
In januari 2009 ontving Daan Manneke de prestigieuze OEUVREPRIJS van de gemeente Breda.
Hij woont in Breda en in 2014 werd hem de eervolle titel Honorair Kapelmeester van de Grote - of Onze- Lieve-Vrouwe-Kerk van Breda verleend. Zijn portret in brons, gemaakt door de beeldhouwer Pauline Eecen, staat opgesteld in het Hoogkoor van deze kerk. Voor zijn grote betrokkenheid op verschillende terreinen van het Nederlandse muziekleven ontving hij in 2000 de Koninklijke Onderscheiding Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw.
In verband met zijn jarenlange betrokkenheid met de Franse cultuur werd hem in 2018 door de Société Académique Arts-Sciences-Lettres het Diplôme de Médaille d’Argent toegekend. Naast diverse artikelen in verschillende muziektijdschriften publiceerde hij in 1978 het Werkboek voor improvisatie en groepscompositie (Amsterdam: Annie Bank, 1978). Zijn werken zijn meestal in opdracht geschreven.
